稀有物種保護：

通過水體中的環境DNA可以有效檢測水生脊椎動物，并且已在濕地和大型河流研究中得到證實^[26]。利用環境DNA檢測河流中的稀有物種和隱秘物種可以增加調查結果準確性，減少調查成本。Goldberg等^[8]利用metabarcoding技術，通過收集快速流動的水體環境DNA樣本，對尾突角蟾(Ascaphus montanus)和愛達荷陸巨螈(Dicamptodon aterrimus)兩種物種進行監測。設計特異性引物尾突角蟾和愛達荷陸巨螈的線粒體Cyt b區域的85bp和78bp片段，在5個不同物種密度的水樣中均成功進行了PCR擴增并靈敏地檢測到了目標物種的存在。該研究還發現早春季節比早秋季節更難以檢測到兩棲類物種存在，推測可能是由于早春比早秋溫度更低，降低了生物代謝速率而導致。Foote等^[28]從海水中分離DNA，使用特異性引物擴增線粒體DNA區域60—80bp的片段檢測水體中是否存在港灣鼠海豚(Phocoena phocoena)，對控制條件下和自然條件下該物種進行遺傳監測。在一個樣地中檢測到長肢領航鯨(Globicephala melas)，而該物種極少在研究海域被發現，結果表明環境DNA的方法可用于檢測稀有物種。Wilcox等^[27]利用環境DNA結合定量PCR檢測了河流中的兩個稀有物種，美洲紅點鮭(Salvelinus fontinalis)和強壯紅點鮭(S.confluentus)，同時發現定量PCR(qPCR)比傳統PCR更加靈敏，檢測概率更高。Rees等^[25]利用環境DNA和傳統的實地調查方法開展對英國保護物種冠北螈(Triturus cristatus)的監測，野外調查發現有冠北螈分布的地點中，采集的水樣DNA中成功檢測出冠北螈的概率為84%。使用環境DNA方法監測物種，對物種及其生存環境不會造成損害。隨著測序成本的下降，環境DNA與metabarcoding技術結合應用在許多情況下甚至優于一些傳統監測方法，成為物種監測方法的又一選擇^[4]。

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